Bafa Gölü’nde, aralarında nesli tükenme tehdidi altındaki tepeli pelikanın da bulunduğu 261 farklı kuş türü yer almaktadır.
Göl ve çevresi su kuşları için önemli üreme ve kışlama alanıdır. Kışın on binlerce sakarmeke (Fulica atra) ve elmabaş pakta (Aythya ferina) burada kışlar. Alanda kuluçkaya yatan önemli türler arasında kaşıkçı (Platalea leucorodia), gece balıkçılı (Nycticorax nycticorax), erguvani balıkçıl (Ardea purpurea), küçük akbalıkçıl (Egretta garzetta) ve mahmuzlu kızkuşu (Vanellus spinosus) gelir. ÖDA çevresinde bir çift akkuyruklu kartalın (Haliaeetus albicilla) üremeye devam ettiği tahmin edilmektedir.