Bafa Gölü; M.Ö. 4. yy.da Heraklia kentinin limanının bulunduğu Latmos körfezi zamanla, Büyük Menderes ırmağının getirdiği alüvyonlar nedeniyle, denizle bağlantısını kaybetmiş ve Ege’nin tuzlu en büyük gölü haline gelmiştir.
Körfez göl olduktan sonra deniz ticaretindeki önemini kaybetmiştir. Ve bölge zamanla ticaret zenginliğini kaybetmiştir. Bu durum Bizans dönemine kadar devam etti. Arap istilasından kaçan bazı keşiş ve rahipler Bafa Gölü’nün çevresindeki sarp kayaları mesken tuttular.
10.yy.da Bafa Gölü’ndeki adalarda ve yakın çevresinde en azından 13 adet manastırın varlığı biliniyor. Bir kısmının kalıntıları hala mevcut. Bu manastırlar ancak 11. ve 12. yy.larda terkedilmiş . Manastıların yanısıra dağın eteklerinde, doğal olarak oluşmuş kaya oyuklarında yaşamış olan bazı keşişlerin mekanları daha sonraları Fresko’larla (dini resimler) süslenmiş ve bugüne kadar gelebilmiştir.
Ancak bu mağaralarda sadece dini resimler yer almamış, 80’li yıllardan bu yana devam eden araştırmaların sonunda tarih öncesi çağlara (8.000 – 10.000) ait mağara resimleri de bulunmuştur. Bu buluntular yörenin tarihi önemini ortaya koymaktadır.